7 coisas que você precisa saber sobre o JR Pass

1- JR Pass, o Japan Rail Pass cobre deslocamentos nos trens bala, trens que fazem o entorno de Osaka e Tokyo e também os trens que ligam os aeroportos ao centro das cidades.
Funciona assim: o passe tem que ser comprado no Brasil ou em qualquer outro país fora do Japão. Quando comprar receberá um comprovante de compra, guarde esse documento e quando chegar no Japão você trocará por um passe único e sempre que utilizá-lo, é só apresentar na cabine do JR que fica junto às catracas. No dia em que for viajar, se quiser passe no quichê da JR, ou senão pode ir direto, é só chegar ver o horário e plataforma do seu trem e pronto! Nem precisa planejar antes, porque sempre tem lugar, funciona perfeitamente, mesmo porque sempre tem pelo menos 3 vagões reservados para quem não tem reserva de assento. 
Importante: ele só começa a valer a partir do dia que você trocar a seu recibo pelo bilhete.

2- Preço do JR Pass:
7 dias – JP¥28.300 / US$ 354
14 dias - JP¥45.100 / US$ 564
21 dias – JP¥57.700 / US$700

3- Para otimizar o ganho o melhor é não utilizá-lo em Tokyo, troque JR Pass, no aeroporto e vá direto para Kyoto. Deixe para fazer Tokyo no final da viagem. Ou se preferir fazer Tokyo no começo da viagem, pegue o seu JR Pass só quando for sair de Tokyo, porque o JR Pass custa no mínimo JP¥2.747 por dia e o day pass de JR comprado avulso em Tokyo custa JP¥580 e definitivamente, nem o JR Pass, nem o day pass de JR e nem nenhum bilhete de JR, são interessante na cidade de Tokyo, ele não cobre todos os lugares. E muito mais vantagem comprar o day pass de Metro+Toei, que custa JP¥1.000 por dia você estará totalmente coberto e terá muito mais transporte em Tokyo, e ainda com a vantagem é que com ele você pode se perder dentro das estações e não tem que se preocupar em entrar ou sair pela porta correta ou pagar por mais um bilhete. Errou? É só voltar e mostrar seu passe e procurar a entrada correta. E para sair do Narita Airport custa so JP¥1.280.

4- Se for comprar passagens avulsas, quando comprar prefira o bilhete sem reserva de assento, eles são entre JP¥510 a JP¥1.000 mais barato e é certo que você irá sentado, porque em todos os trens sempre tem vagões reservados para quem não tem reserva de assento;

5- É importante saber, o horário de funcionamento dos guichês do JR (Japan Rail), caso queira usar o seu JR Pass para sair do aeroporto. 
- Narita Airport, das 6h30 às 9h45
- Haneda Airport, das 11h00 às 18h30
- Tokyo Station, das 7h30 às 20h30 

6- Colocamos aqui preços da passagem de trem, para serem compradas avulsas, dos principais destinos turísticos. Todos os preços são por trecho e sem reserva de assento.
Com reserva de assento acrescente entre JP¥500 á JP¥1.000 a mais por bilhete. Mas sempre tem pelo menos 3 vagões disponíveis, próprios para bilhetes sem reserva de assento, então é quase garantido que você irá sentado. Mesmo com JR Pass, quando não reservávamos era tranquilo.
Trem local, é o de velocidade mais normal e o Shinkansen é o trem bala.

Tokyo - Kyoto (de Shinkansen) JP¥12.710, são 2h40 de viagem;
Tokyo (saindo de Shinjuku) - Otsuki (trem local, caminho para o monte Fuji), JP¥1.280;
Tokyo - Nikko, JP¥2.520, são 2 horas de viagem (trem lento);
Tokyo - Gotemba, JP¥1.890 (trem local);
Tokyo - Odawara, JP¥1.450 (trem local);
Kyoto - Nara, JP¥690;
Kyoto - Osaka, JP¥540;
Kyoto - Himeji, JP¥4.620;
Kyoto - Takayama, JP¥8.920, são 3 horas de viagem;
Kyoto - Hiroshima (de Shinkansen), JP¥10.280;
Hiroshima - Beppu (de Shinkansen), JP¥10.120;
Beppu - Monte Aso, JP¥3.770;
Beppu - Yufuin, JP¥910;
Beppu - Kyoto, JP¥16.010;
Myajima JR Ferry Boat, JP¥340 ida e volta.

7- Comparamos aqui JR Pass de 14 dias X compra de bilhetes avulsos quando chegar no Japão.
Qualquer um pode achar que é muito pouco, nós também com certeza teríamos achado se alguém nos mostrasse esse roteiro antes de termos vindo, mas hoje depois de ter vivido essa experiência de 25 dias no Japão, nossa escolha seria assim:

Compraríamos o JR Pass de 7 dias e ficaríamos 7 em Tokyo sem o JR Pass, comprando e usando o day pass de Metro+Toei= JP¥1.000 por dia e total de JP¥7.000 para os 7 dias. 
Depois fora de Tokyo, começaria usar o JR Pass (comprado para 7 dias)...
Tokyo/Kyoto 3 dias, Kyoto/Nara 1dia (one day tour, dormindo em Kyoto), Kyoto/Tokyo, chegando a noite em Tokyo para aproveitar mais Kyoto, Tokyo/Otsuki (Monte Fuji) 1 dia (dormindo em Tokyo), Otsuki/Tokyo, Tokyo/Nikko, 1 dia (dormindo em Tokyo), Nikko/Tokyo.
Lógico, o roteiro não precisa ser exatamente esse, é apenas uma sugestão do que faríamos depois de ter vivido a experiência. Mas o importante é usar o JR Pass 7 dias fora de Tokyo.
E compra de mais 2 bilhetes avulsos para o aeroporto de Narita (trem local) por JP¥2.560.

Conclusão...
O JR Pass de 7 dias custa JP¥28.300 + 7 dias de day pass de Metro+Toei, JP¥7.000 + 2 passagens para o aeroporto de Narita,  JP¥2.560

Total - JP¥37.860
Se você comprar o JR Pass para os 14 dias que estará no Japão custara JP¥45.100 (US$ 564) e tem que ser considerado que em Tokio, o JR não acessa todos os lugares e você não terá como escapar de comprar os bilhetes de Metrô e Toei, e é com eles que você estará coberto e terá muito mais transporte.